Chef principal de l’Opéra de Lyon depuis 2017, Daniele Rustioni en devient le directeur musical en 2022. Il y dirige deux nouvelles productions chaque saison, en plus des programmes symphoniques : La Juive (Halévy), le War Requiem (Britten), Simon Boccanegra, Don Carlos, Macbeth, Falstaff et Rigoletto (Verdi), Une nuit à Venise (Johann Strauss), Mefistofele (Boito), L’Enchanteresse (Tchaïkovski), Guillaume Tell et Moïse et Pharaon (Rossini), Tosca (Puccini), Béatrice et Benedict (Berlioz), Le Coq d’or (Rimski-Korsakov) ; et, en version de concert à l’Auditorium de Lyon et au Théâtre des Champs-Élysées, Ernani, Attila et Nabucco (Verdi), Werther, Manon et Hérodiade (Massenet), ainsi que le Requiem de Verdi aux Nuits de Fourvière. Il a ouvert la saison 2022/2023 avec une nouvelle production de Tannhäuser et s’est lancé dans une exploration du répertoire allemand où figurait notamment La Femme sans ombre en ouverture de la saison 2023/2024. Lors de cette dernière, il a dirigé aussi La Fille du Far-West (Puccini), La Dame de pique (Tchaïkovski) et, en version de concert à l’Auditorium de Lyon et au Théâtre des Champs-Élysées, Adriana Lecouvreur (Cilea) ; il a également dirigé un concert symphonique pour les 40 ans de l’Orchestre. Avec l’Orchestre et les Chœurs de l’Opéra, il est un invité régulier du Festival d’Aix-en-Provence.
En 2022/2023, il est devenu le directeur musical de l’Orchestre d’Ulster ; et, depuis septembre 2021, il est le premier chef invité de la Staatsoper de Bavière (Munich). De 2014 à 2023, il a été directeur musical, puis directeur artistique de l’Orchestre de Toscane. Il collabore avec les grands opéras internationaux – la Staatsoper de Berlin, la Scala de Milan, l’Opéra national de Paris, Covent Garden à Londres ou le Teatro Real de Madrid –et a fait ses débuts au Festival de Salzbourg en 2022. Il s’est produit au Metropolitan Opera de New York en 2017, puis lors de la saison 2021/2022. En mars 2023, il y a dirigé Falstaff. Il y a été réinvité en 2023/2024 pour le gala du Nouvel An et pour Carmen (Bizet).
Daniele Rustioni est sollicité par de grands orchestres. En 2023, il a fait ses débuts au Carnegie Hall de New York avec l’Orchestre du Metropolitan Opera et avec l’Orchestre symphonique de Pittsburgh. Il dirige tous les grands orchestres italiens, notamment celui de l’Académie nationale Sainte-Cécile de Rome et l’Orchestre philharmonique de la Scala de Milan. Il est invité par l’Orchestre philharmonique de Londres, l’Orchestre symphonique de Birmingham, l’Orchestre national du Danemark et l’Orchestre Hallé de Manchester. Depuis ses débuts en 2014 à l’Opéra Nikkikai de Tokyo (Madame Butterfly), il se produit régulièrement au Japon, avec l’Orchestre symphonique de Kyushu, l’Orchestre symphonique du HPAC, l’Orchestre symphonique de Tokyo, l’Orchestre philharmonique d’Osaka et l’Orchestre symphonique métropolitain de Tokyo.
Sa discographie comprend Adelson e Salvini de Bellini pour Opera Rara avec l’Orchestre symphonique de la BBC et le Concerto pour violon de Wolf-Ferrari chez Deutsche Grammophon avec Francesca Dego et l’Orchestre symphonique de Birmingham. Il a enregistré des œuvres de Federico Ghedini, Goffredo Petrassi et Alfredo Casella avec l’Orchestre de Toscane chez Sony Classical. En 2022, il a reçu le prix du meilleur chef d’orchestre de l’année décerné par les International Opera Awards.
Au cours de la saison 2024/2025 de l’Opéra de Lyon, il dirige Wozzeck (Berg), La Force du destin (Verdi) et, en version de concert, Andrea Chénier (Giordano) ainsi qu’un concert symphonique rassemblant Maurice Ravel et Hector Berlioz en ouverture de saison.
En juillet 2024, Daniele Rustioni a été décoré de la médaille de chevalier dans l’ordre des Arts et des Lettres.