Né en 1964 à Paris, Yves Castagnet aborde la musique dès sa petite enfance, tout d’abord par le piano, avant de découvrir l’orgue quelques années plus tard. Il fait ensuite ses études musicales au Conservatoire national supérieur de musique et de danse de Paris, dans les classes d’orgue, d’improvisation, d’harmonie, de contrepoint, de fugue et d’orchestration. Ces études sont récompensées par plusieurs premiers prix, notamment un premier prix d’orgue en 1985.
En 1988, il remporte le grand prix d’interprétation au concours international d’orgue Grand Prix de Chartres, ce qui lui vaut de commencer une carrière internationale de soliste.
C’est également en 1988 qu’il est nommé titulaire de l’orgue de chœur de la cathédrale Notre-Dame de Paris, où il accompagne quotidiennement les offices chantés par la Maîtrise de la cathédrale. Depuis l’incendie du 15 avril 2019, il continue d’accompagner les liturgies quotidiennes de la cathédrale maintenant déployées en l’église Saint-Germain-l’Auxerrois.
À la fois récitaliste et continuiste, Yves Castagnet est très attaché à l’accompagnement des chanteurs. Il enseigne l’interprétation aux chanteurs du chœur d’adultes de la Maîtrise de Notre-Dame de Paris, dont il accompagne régulièrement les productions, en concert comme en liturgie. C’est aussi dans ce cadre qu’il s’est progressivement orienté vers la composition. Ses œuvres, essentiellement vocales, sont inspirées par la richesse musicale des liturgies célébrées à Notre-Dame de Paris.
En tant que soliste, il a publié plusieurs enregistrements salués par les plus hautes récompenses des revues spécialisées : Symphonie-Passion et Évocation de Dupré à Saint-Ouen de Rouen, Le Chemin de la Croix et Deuxième Symphonie de Dupré à Notre-Dame de Paris, Première et Deuxième Symphonies de Vierne à Saint-Ouen de Rouen, les six sonates de Mendelssohn à Masevaux.