Mark Fitz-Gerald a étudié au Royal College of Music de Londres, où il a eu notamment Norman Del Mar comme professeur et remporté les principaux prix en direction d’orchestre et d’opéra. C’est à cette époque que Henze l’a invité à participer au premier Chantier international d’art de Montepulciano, en suite de quoi il a été invité régulièrement à diriger le Sinfonietta de Bâle.
De 1983 à 1987, Mark Fitz-Gerald a été directeur artistique de l’Orchestre des jeunes du RIAS (Berlin Ouest), où ses Concerts filmharmoniques innovants ont été très appréciés. Il y est retourné pour poursuivre cette série avec le Rundfunkorchester de Berlin en 1992. Depuis lors, il s’est spécialisé dans l’accompagnement en direct de films muets, obtenant un grand succès dans de nombreux pays et festivals à travers le monde. Interprète remarqué de Chostakovitch, il a ainsi dirigé sa musique pour le film de Trauberg La Nouvelle Babylone (1929), notamment lors de la première japonaise de l’œuvre (concert d’ouverture du Festival d’été de Tokyo en 2000) et au Festival Guerguiev de Rotterdam en 2001. Avec l’aide d’Irina Chostakovitch et de Krzysztof Meyer, il a restauré la partition complète d’un autre film de Trauberg et Chostakovitch, Odna (1929), et en a dirigé la première mondiale en Hollande puis à Paris, avec un énorme succès. Il en a assuré en 2006 la création britannique au Barbican Centre de Londres. La partition restaurée figure aujourd’hui au sein de la nouvelle édition complète des œuvres de Chostakovitch. Son enregistrement d’Odna, acclamé par la critique, a été suivi du non moins réussi The Girlfriends and other previously unrecorded works. En 2010, son accompagnement du film muet Les Ailes de 1927 avec la partition de Carl Davis au Festival de Pordenone a soulevé l’enthousiasme de la critique et du public.
En 1986, Mark Fitz-Gerald a été nommé directeur musical du Kentish Opera. Il a collaboré régulièrement comme assistant à la Staatsoper et à la Kammeroper de Vienne. En 1992, il a fait ses débuts à la Volksoper de Vienne dans La Petite Renarde rusée et, en 1994, il a dirigé la première mondiale d’un opéra du compositeur mexicain Victor Razgado à Spoleto, dans une mise en scène de Luca Ronconi. En 1994, il a dirigé Casse-Noisette au Festival de ballet de Vienne. Au cours de sa carrière, il a dirigé des orchestres dans toute l’Europe et au Japon. De 1989 à 1993, il a été chef d’orchestre associé de l’Orchestre de Porto. Il a été chef assistant à Strasbourg, tant à l’Orchestre philharmonique qu’à l’Opéra du Rhin, de 1997 à 2002. Par la suite, on a pu l’entendre à la tête de l’Orchestre philharmonique de Malaisie, de l’Orchestre philharmonique de Londres, de l’Orchestre symphonique de Bochum, de l’Orchestre symphonique de Wuppertal. Il a dirigé la première suisse de La Chute de la maison Usher de Debussy avec le Sinfonietta de Bâle.